キリスト教信仰に基づく幅広い教育を目指す初等部は、初等部生活の様々な場面で聖書の御言葉に触れ、祈る機会を大切にしています。その中心になるのは、礼拝です。

月曜日から木曜日の毎朝、初等部礼拝堂に集い、約30分の礼拝を守り、金曜日は、テレビ放送で各教室にて、礼拝を守ります。礼拝堂での礼拝の準備は、5・6年生の宗教プロジェクトのメンバーによってなされ、礼拝を整えます。
また、火曜日（低学年）と金曜日（高学年）は祈祷会を守り、聖書の輪読と祈りの時を持ちます。
聖書の理解を深めるために、3～6年生は、宗教（聖書）の授業があります。
キリスト教への理解を深め、聖書に基づいた価値観・人間観を大切にして初等部生活を送るためには、家庭の理解が不可欠と考え、保護者向けのプログラムも実施しています。
聖書に親しむ会、ハンドベルに親しむ会、讃美歌に親しむ会が、それぞれ月に1回開かれています。